磁珠纯化的原理是基于抗原与抗体间可逆的特异性结合反应，使其可从复杂样品基质中特异性地回收目标化合物。磁珠表面偶联的抗体会与抗原（即目标化合物）特异性结合，杂质不会被结合，通过淋洗的方式除去杂质后，使用洗脱液进行洗脱磁珠，即可得到洁净的目标化合物溶液，可直接用于后续检测。