Ultimate^® XB-CN色谱柱有正相和反相两种模式。反相氰基柱对疏水性分子洗脱快，对极性化合物具有独特的选择性，对强碱性化合物分离具有良好的峰形，与C18、C8等反相柱具有不同的选择性。在所有反相色谱柱中，极性zui强。在疏水性十分强的化合物用标准C18和C8柱和典型的反相洗脱液不能洗脱时，可用氰基柱。

在正相色谱中氰基柱可以替代硅胶柱。键合正相柱有快速平衡和比非衍生硅胶表面活性更一致的特点。为延长色谱柱的寿命，交替调换正相反相的洗脱机是应该避免的。